Shoko a capturé par hasard un bébé Pandakuji et l'a rapporté à Ashida. Dans le but de se doter d'une armée de Samouraï énormes et invincibles, le Seigneur décide d'utiliser le bébé Pandakuji pour découvrir le sanctuaire secret où se cachent tous ses congénères. Et comme seul les Mini Ninjas et leur Maitre en connaissent l'emplacement, Ashida monte un stratagème : il va profiter du grand cœur de Futo pour qu'il les mène tout droit au Sanctuaire !