A l'aide d'une ancienne technologie kryptonienne, le super-méchant Lex Luthor est parvenu à vaincre et à enfermer l'ensemble des héros DC Super Hero Girls dans la Phantom Zone. Ne reste plus que le petit groupe de justicières pour s'opposer à la Legion of Doom. Les combattantes vont alors prendre la fuite à travers le multivers dans l'idée de constituer une équipe d'alliés venus d'autres Terres parallèles, pour revenir affronter Luthor et ses potes super-vilains...