Nausicaä capte une troisième distorsion magnétique qui semble provenir d'une sorte de cimetière marin d'où les navires ne réapparaissent jamais, sinon sous forme de vaisseaux fantômes. L'Atlantis est confronté à un vaisseau fantôme et découvre un dôme sous-marin qui est en fait un repère des Sylvidres. Dans ce lieu, une journée dure un siècle et si Albator et son équipage ne réagissent pas rapidement, les Sylvidres pourraient régner en maîtresses sur la Terre...