Pendant leur entraînement quotidien, les Tortues et April se sentent observés. Ils poursuivent l'espion jusqu'à sa cachette, afin de le démasquer. Il s'agit d'un dénommé Kurtzman, journaliste de son métier, qui enquête sur la conspiration des Krangs. Il leur apprend que les Krangs détiennent des informations secrètes sur April, et les incite à effacer ces données pour ralentir l'invasion.
Leo, Raph, Mikey et Donnie sont des tortues mutantes, entraînées dans l'art du ninjutsu par leur rat sensei, Maître Splinter. Sortis de leur repaire dans les égoûts, les frères combattent les méchants de New York et engloutissent les meilleures pizzas qui soient. Au fil de leurs bagarres avec Shredder, les Krangs et autres mutants super puissants, les Tortues apprennent à compter les uns sur les autres et à devenir les héros qu'ils sont faits pour être. Cette nouvelle saison voit apparaître un nouveau super vilain par épisode, étoffant le bestiaire d'ennemis que devront affronter nos 4 amis. Action et humour sont une nouvelle fois au rendez-vous !