A la mort de sa mère, un petit garçon se retrouve seul au monde. Il est bientôt accepté dans un foyer pour enfants, où il apprend à se faire des amis.
Icare, un enfant que tout le monde appelle "Courgette", est élevé par sa mère, alcoolique. Quand celle-ci meurt accidentellement, il est placé dans un foyer pour enfants. Dans l'établissement, le petit garçon apprend à se faire des amis, qui ont tous connu comme lui une enfance difficile. Ahmed, Jujube, Alice et Béatrice sympathisent avec Courgette, mais Simon, le rebelle du groupe, tente d'imposer sa loi au garçon. L'arrivée de Camille chamboule une fois de plus la vie du foyer. La petite fille, malicieuse, ne laisse pas Courgette indifférent, même s'il n'ose pas tout de suite l'avouer...
Le film a reçu de nombreuses récompenses dont les César du meilleur film d'animation et de la meilleure adaptation en 2017. Céline Sciamma, qui signe le scénario, s'est inspirée du roman "Autobiographie d'une courgette", de Gilles Paris.