Les mini ninjas, en apprentissage chez un vénérable grand maître, ont pour mission de libérer les animaux transformés en samouraïs par un seigneur de la guerre.
Les mini ninjas sont six enfants, en apprentissage chez un vénérable grand maître. Ils ont pour mission de libérer les animaux transformés en samouraïs par Ashida, un terrible seigneur de la guerre, et de protéger leur pays.