La directrice des opérations prend officiellement sa retraite. Une directrice adjointe se présente et cherche un remplaçant. Deeks est muté à la police.
Les agents découvrent qu'Hetty a pris sa retraite officiellement. Une nouvelle directrice adjointe, Shay Mosley, se présente au bureau afin de remplacer Owen Granger et trouver un nouveau directeur des opérations, pour prendre la place d'Hetty. Elle renvoie Deeks à la police. Sam ne veut toujours pas reprendre le travail, toujours très marqué par la mort de sa femme. Il passe ses journées dans sa caravane, installée au bord de la mer. Lorsqu'une menace terroriste se précise, son absence se fait ressentir au sein de l'équipe...
Le duo Chris O'Donnell-LL Cool J fonctionne toujours bien dans la 9e saison de NCIS Los Angeles.