Le fondateur de la Section One capture Nikita et lui apprend qu'elle est sans doute manipulée par un agent, qui fomente un complot politique.
Nikita est soumise à rude épreuve : elle découvre que sa voisine, Carla, est en fait un agent au service d'Adrian, la fondatrice de la Section One, qui vit maintenant en exil. Le petit ami de Carla, qui n'a pas lâché Nikita d'une semelle depuis un an, kidnappe cette dernière pour la livrer ensuite à Adrian, qui prétend qu'un autre agent se sert d'elle pour usurper le pouvoir politique et placer divers gouvernements sous son contrôle...