Après la mort du gorille géant Kong, le docteur Jenkins, célèbre généticienne, a mélangé l'ADN du grand singe pour le cloner. Grâce à son ordinateur organique, Jason, le petit-fils du docteur Jenkins, peut fusionner avec Kong, alliant son intelligence à la force du primate. Aidé de son meilleur ami Tann, Jason doit empêcher le professeur Ramone de La Porta de s'emparer des treize pierres sacrées donnant accès au contrôle de la Terre.