Dans les années 1990, l'État hébreu continue d'asseoir sa domination sur la Palestine. De son côté, l'armée ferme les yeux sur les actes de violence commis par les colons envers les Palestiniens. En 1993, les accords d'Oslo offrent des zones de souveraineté distinctes aux Israéliens et aux Palestiniens, mais entravent les déplacements de ces derniers à travers la mise en place de points de contrôle. Après le massacre d'Hébron en 1994, des attentats-suicides visent les centres urbains israéliens. En 2000, la seconde Intifada, violemment réprimée, entraîne une escalade sécuritaire et la construction d'un mur de séparation en Cisjordanie. Après le retrait d'Israël de la bande de Gaza en 2005, le conflit avec le Hamas débouche sur des opérations militaires israéliennes dans la zone en 2008, puis en 2014.