L'historien Michael Scott enquête sur un mystérieux caveau découvert à Rome après un effondrement. Plus de 2000 squelettes sont empilés de manière très inhabituelle pour les catacombes de Rome. Avec l'aide d'archéologues et de spécialistes, ce film passe en revue les différentes hypothèses qui pourraient expliquer la présence de ces corps. Les premiers indices suggèrent que ces ossements appartiendraient à des martyrs chrétiens. Mais l'étude approfondie des os contredit cette hypothèse. D'autres résultats laissent à penser que de grandes épidémies seraient la cause de ces multiples décès.