Michael quitte son rôle d'agent de terrain pour rejoindre le commandement de la Division. Se sentant coupable d'avoir blessé Michael, Nikita récupére d'importantes informations auprès de Birkhoff et se prépare pour une mission secrète particulièrement dangereuse. Elle part à la recherche de Heidecker, un scientifique ayant déjà eu quelques démêlés avec la Division, mais qui pourrait venir en aide à Michael. Quand Michael, Alex et Ryan comprennent les projets de Nikita, ils décident aussitôt de la suivre au Kosovo, sans se douter des conséquences dramatiques que cela va entraîner pour la Division...