Ayant appris qu'un signal a été repéré, sans doute émis par Mew et en provenance d'une île lointaine, Sacha et Goh partent pour en apprendre davantage. Sur cette île, ils rencontrent divers Pokémon dont un petit groupe particulièrement effrayé. Ils les suivent et, à leur grande surprise, Mewtwo apparaît. Sacha et Goh lui parlent de leurs projets respectifs et Mewtwo accepte de les combattre, mais il est très puissant.