La Guerre Sainte est le nom que revêt le combat que se livrent tous les deux siècles la déesse Athéna et le seigneur des Enfers, Hadès. Au 18e siècle, les signes avant-coureurs de ce conflit apparaissent dans une petite ville de campagne, quelque part en Europe. C'est là que vivent Tenma et Alone, deux amis aux caractères radicalement opposés. Un jour, Alone fait la connaissance d'une femme qui se présente sous le nom de Pandore. Dès lors, les rouages du destin se mettent inexorablement en marche.