Quand les espions laissent par mégarde un orbe de l'espace se déployer dans leur école, ce dernier crée un méchant double de la principale Shields qui essaie de prendre le contrôle de l'école en transformant tous les élèves en zombies. Pendant ce temps, Cal, qui a prononcé un discours au collège de Southdale et se promène dans l'école verrouillée, ne s'aperçoit de rien. Au bout du compte, les espions doivent arrêter la méchante Principale Shields, sauver l'école et les élèves, et empêcher leur père de découvrir leur secret...