Alors qu'Okabe et Kurisu rapportent l'IBN5100 au Labo, ils rencontrent Suzuha Amane qui fait le ménage dans la boutique du docteur Braun. Bien que ce soit la première fois que Suzuha et Kurisu se rencontrent, Suzuha réagit bizarrement face à Kurisu. Utilisant l'IBN5100, Okabe, Daru et Kurisu recommencent à pirater le SERN. Ils découvrent alors que le SERN a commencé à faire des expériences de voyage dans le temps depuis quarante ans. Okabe annonce à Kirusu qu'il a l'intention de construire une machine à voyager dans le temps parfaite...