Une petite orpheline vivant dans un monde parallèle décide de venir en aide à son meilleur ami, enlevé par les sbires du pouvoir corrompu de son pays.
Lyra, une petite orpheline rebelle de 12 ans, vit dans un univers parallèle. Elle a pour compagnon Pantalaimon, une créature étrange capable de prendre toutes les formes animales. Mais son monde subit de profondes mutations. Le Magisterium, à la tête de l'Etat, pressure de plus en plus le peuple. Il est soupçonné d'avoir, en outre, fait enlever des enfants par les sinistres Enfourneurs. Des Gitans affirment qu'ils ont été enfermés dans une station expérimentale où sont pratiquées d'horribles expériences. Lorsque Roger, le meilleur ami de Lyra, disparaît à son tour, elle part à sa recherche pour le sauver...
Le premier volet de l'adaptation de la série de romans du Britannique Philip Pullman compense une narration fade par des effets visuels impressionnants.