Sous l'Occupation, dans un collège catholique, un nouvel élève juif, qui se distingue par ses dons et sa personnalité, se lie d'amitié avec un autre garçon.
En 1944, Julien Quentin rejoint le collège catholique dont il est pensionnaire, bien qu'il n'ait aucune envie de quitter sa mère et la maison familiale. Il retrouve l'ambiance des dortoirs et des salles de classe, le marché noir dont vit Joseph, l'aide cuisinier, qui échange des pots de confiture contre des cigarettes. Un matin, le père Jean présente un nouvel élève : Jean Bonnet, un brillant sujet, qui déclenche rapidement la jalousie de Julien. Intrigué par l'attitude de son nouveau condisciple, qui ne reçoit jamais ni colis ni courrier et se lève la nuit pour dire d'étranges prières, Julien finit par découvrir son secret. Jean est juif, vit sous un nom d'emprunt et doit à la générosité du père Jean d'avoir trouvé un refuge dans le collège...
Un souvenir personnel de Louis Malle. La narration impeccable atteint une portée universelle. Un très beau film, qu'on n'oublie pas.