Rentrant d'une tournée de dédicaces, Richard se retrouve impliqué malgré lui dans les enquêtes confidentielles de Kate et de sa coéquipière Rachel.
Kate finit par accepter la demande en mariage de Richard. Elle lui avoue également avoir décroché le poste qu'elle convoitait à Washington. Deux mois plus tard, Kate apprend le métier avec sa nouvelle équipière, Rachel McCord. Richard, lui, rentre d'une tournée de dédicaces. Il retrouve sa fille Alexis, qui revient du Costa Rica avec son nouvel amoureux, Pi, et se hâte de rejoindre Kate. En se rendant chez elle pour lui faire une surprise, il tombe sur Rachel et découvre les dossiers confidentiels sur lesquels elles travaillent toutes les deux. En s'en mêlant, Richard compromet l'emploi de Kate et met sa propre vie en danger...
Une 6e saison de 23 épisodes où les relations entre Castle et Beckett sont au centre du récit.