Un jeune garçon, modeste conteur de rue aux récits fantastiques, invoque, sans le savoir, un esprit démoniaque de son passé mû par une vengeance ancestrale.
Le jeune Kubo mène une vie modeste de conteur de rue en narrant aux habitants d'un village de pêcheurs des récits fantastiques. Il illustre ses histoires avec des personnages en origami prenant vie au son de son instrument de musique magique. Mais un jour, Kubo invoque, par mégarde, un esprit démoniaque...