L'un des rares survivants d'une terrible épidémie est renvoyé dans le passé pour isoler la souche virale, avant qu'elle ne produise son oeuvre à grande échelle.
En 2035, l'humanité a presque entièrement disparu, décimée par un virus. Un des rares survivants, James Cole, est expédié en 1996, année du cataclysme, afin de découvrir la souche du virus et de comprendre l'implication dans l'affaire d'une mystérieuse organisation, l'"Armée des douze singes"...