Sur le continent américain, au XVIIe siècle, une jeune autochtone rencontre un officier britannique. Au milieu des combats, ils se rapprochent l'un de l'autre.
En 1607, trois navires britanniques abordent la côte Est de l'Amérique. Ces hommes rudes ont pour mission d'y établir une nouvelle colonie. Les Indiens rencontrés sur place sont traités avec une grande brutalité. Les colons ont beaucoup de mal à s'acclimater à ce milieu si hostile. Le capitaine Newport charge l'un de ses hommes, John Smith, d'une mission de reconnaissance afin de préparer l'hivernage. Mais la troupe se perd et Smith est fait prisonnier. Il va être mis à mort quand il est sauvé in extremis par une lumineuse jeune fille, Pocahontas, la fille du chef Powhatan. Une relation plus profonde va naître entre eux, qui va bouleverser la vie de la jeune fille...
Plus qu'une nouvelle version de la légende de Pocahontas, Terrence Malick réalise ici une ode à la nature sauvage et s'interroge sur le rapport de l'homme avec celle-ci.