Les Kraangs et Shredder ont réussi à faire passer le Technodrome à travers le portail et à capturer April. Les Tortues et Splinter se préparent au combat...
Après avoir été exposées à du mutagène extraterrestre, quatre jeunes tortues, Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo, sont adoptées par un humain (Hamato Yoshi), mutant lui aussi, transformé en rat et surnommé Splinter. Ce dernier les élève comme ses propres enfants et leur enseigne les arts martiaux (Ninjutsu).