Pour protéger une source qui peut témoigner que son patron vend des armes à des ennemis des Etats-Unis, MacGyver tente d'arrêter la course folle d'un train.
Mac et son équipe s'envolent pour Berlin, puis embarquent à bord du train vers Francfort pour assurer la protection de l'assistante d'Eric Wexler, un homme d'affaires. Elle s'apprête à dévoiler et prouver que son patron, officiellement un fournisseur allemand pour la Défense américaine, vend aussi des armes aux ennemis des Etats-Unis. Mais l'homme ne l'entend pas de cette oreille et il a envoyé des tueurs pour empêcher son employée de parler. MacGyver va devoir arrêter la course folle d'un train qui a été saboté...