De nouveaux membres sont recrutés par Coulson pour former une équipe capable de contrer Hydra et de se lancer à la recherche d'un puissant artefact : l'Obélisque.
L'agent Coulson veut reconstruire le S.H.I.E.L.D. : il reconstitue une équipe avec de nouvelles recrues pour combattre Hydra, toujours en activité, notamment depuis que Carl Creel, un méta-humain capable d'absorber les caractéristiques du matériau qu'il touche, recherche pour Hydra un artefact rare et puissant, l'Obélisque. Celui-ci, récupéré à l'issue de la Seconde Guerre mondiale par la Section scientifique de réserve, est actuellement caché dans une base secrète de l'armée avec les autres biens récupérés du S.H.I.E.L.D...