Tony est infecté par le virus de la peste, envoyé dans une enveloppe par un homme qui a exigé la réouverture immédiate d'un procès classé sans suite.
Un matin, Tony ouvre machinalement une lettre adressée aux agents spéciaux du NCIS. La missive contient de la poudre grise infectée par la peste. Aussitôt, le service entame une procédure de décontamination, et toute l'équipe est mise en quarantaine en attendant les résultats des tests sanitaires. Le mystérieux expéditeur exige la réouverture d'un dossier classé sans suite : le viol de Sarah Lowel par plusieurs officiers. Le reste de l'équipe a trois jours pour découvrir le responsable et résoudre l'affaire, délai au terme duquel le virus, génétiquement modifié, va tuer Tony. Pour l'équipe, l'heure est grave, et chaque erreur peut compromettre la survie de l'agent...