La capture de trois oiseaux Pokémon par un odieux collectionneur rompt l'équilibre naturel d'une île, dès lors menacée par les éléments déchaînés.
Victimes d'un naufrage, Sacha et ses amis échouent sur l'île de Shamouti. Ils y découvrent trois oiseaux géants chargés de contrôler des éléments fondamentaux - le feu, la foudre et la glace - pour préserver l'équilibre naturel. Mais un collectionneur capture les volatiles, rompant le précieux équilibre...