Les Pokémon fascinent les scientifiques du monde entier, au point que les chercheurs réussissent à créer génétiquement un nouveau modèle, baptisé Mewtwo.
Des scientifiques fascinés par la force et les pouvoirs des Pokémon tentent de créer un nouveau spécimen à partir de l'ADN de Mew. Le fruit de leur travail est censé dépasser en puissance toutes les autres créatures de l'espèce. L'expérience en elle-même est un succès, mais son résultat s'avère redoutable...