Au XXIe siècle. Un couple s'échappe d'une colonie humaine très surveillée pour gagner une île mystérieuse. Il va y faire une découverte stupéfiante.
Au milieu du XXIe siècle. Lincoln Six Echo et Jordan Two Delta vivent, en compagnie de centaines d'autres personnes, dans une immense colonie souterraine où chaque mouvement est étroitement surveillé. Ils sont les survivants d'une catastrophe qui a ravagé la Terre et ne sont pas autorisés à quitter ce territoire confiné. Le seul autre endroit préservé du désastre est une île mystérieuse, sur laquelle ne peuvent se rendre que certains élus, tirés au sort par loterie tous les jours. Lincoln, comme les autres, souhaite avoir la chance de s'en aller un jour sur "l'île". Mais des cauchemars récurrents le poussent à s'interroger sur la nature du monde...
Abordant le sujet du clonage, Michael Bay évacue rapidement toute réflexion pour se consacrer à ce qu'il affectionne tout particulièrement : l'action débridée.