Deux agents du FBI, anciens membres du Bureau des affaires non classées, sont confrontés à un terrifiant complot qui menace l'ensemble de la planète.
Au Texas, un homme découvre d'étranges ossements dans une grotte et se trouve soudainement parasité par un être mystérieux. Au même moment, les agents Mulder et Scully tentent de désamorcer une bombe. Mais ces deux anciens membres des "X-Files" échouent dans leur tentative. Un complot menace...