Année 1614, sous l'ère d'Edo, deux clans ninja légendaires, les Koga et les Iga, ennemis depuis 400 ans, s'affrontent, chacun supportant un des deux fils du shogun Tokugawa Ieyasu. En effet, celui-ci a décidé que celui de ses deux fils qui lui succèdera sera désigné par l'issue de cette confrontation. Chaque clan est composé de 10 guerriers très puissants, chacun ayant sa propre technique de combat. Au milieu de cette bataille se trouvent des descendants des familles Koga et Iga, amoureux l'un de l'autre mais de clans ennemis.