Un petit sixième poursuit les héros, provoquant chez eux d'étranges troubles dès qu'il les touche. Pas de doute : c'est un spectre. Les héros filent sur Lyoko pour désactiver la tour qui a permis à ce spectre polymorphe de se matérialiser. Mais, sur Lyoko, Aélita est dévirtualisée avant d'avoir atteint la tour. Gros problème, car, en théorie, elle seule peut désactiver une tour, mais les héros découvrent qu'ils ont désormais tous cette faculté. Une fois la tour désactivée par Yumi, Jérémy repère une seconde tour active qui était cachée par la première. Il y a un deuxième spectre, et c'est un clone d'Ulrich...