Ulrich, Jérémy, Aelita, Yumi et Odd retournent à leur routine quotidienne d'élèves du collège Kadic. Mais X.A.N.A., l'Intelligence Artificielle qu'ils étaient parvenus à détruire dans leurs précédentes aventures, réapparaît. Comment cette monstruosité a t-elle survécu ? Nos héros réactiveront le Supercalculteur une fois encore afin de pouvoir retourner sur Lyoko, découvrir les raisons de cette réapparition et combattre à nouveau ce mal virtuel qui menace la planète.