Pour localiser le supercalculateur d'Ikonov et le détruire, Jérémy a mis au point un programme, une sorte de fouineur, que les Lyoko-guerriers vont devoir introduire dans le coeur du Cortex. Le plan se déroule sans accroc mais alors qu'ils repartent vers Lyoko, ils sont suivis à leur insu par un Ninja d'Ikonov qui se ventouse au Skid. Et c'est uniquement dans le 5e Territoire qu'ils se rendent compte de sa présence. Un terrible combat s'engage alors pour empêcher le Ninja d'accèder au coeur de Lyoko et à toutes les données qu'il recèle...