Méthodique, puissant et obsessionnel compulsif, le maléfique robot Brainiac veut ajouter la Terre à sa collection personnelle de planètes miniaturisées. Mais c'était compter sans la défense de La Ligue des Justiciers, toujours prête à sauver le monde. Tandis que l'infâme Brainiac réussit à envoyer plusieurs des super-héros justiciers à d'autres périodes de l'Histoire, Batman, Flash et Cyborg tentent une course à travers le temps pour retrouver leurs camarades et combattre les drones de leur ennemi...