Dark Sidious semble sur le point de mener son terrible plan à terme. Il a mis au point l'arme suprême, un clone du nom de Jek, dont les supers pouvoirs pourront être reproduits à l'infini. Il peut ainsi créer une gigantesque armée de clone afin d'atteindre son objectif : détruire la République. Pendant ce temps, C-3PO demande à ne plus encadrer les Padawans en l'absence de Yoda. L'intérim va être assuré par Anakin Skywalker...