Enric Sala, biologiste marin et explorateur, et Pierre-Yves Cousteau, le plus jeune fils du célèbre commandant, partent en quête des secrets de la Méditerranée. Ils espèrent ainsi éveiller les consciences et montrer que la Grande Bleue a bien changé depuis les premières images des fonds marins rapportées en 1946. Mais si près de 90% des poissons ont déserté les eaux, un espoir demeure cependant : quatre réserves maritimes, protégées des constructions, de la pollution et de la pêche commerciale, participent à renouveler la faune et la flore sauvages méditerranéennes. De Majorque à la Corse, des endroits magnifiques se dévoilent.