Pour son anniversaire, Ashida veut s'offrir un festin de cuisses de grenouilles, dont il raffole. Il dépêche donc Shoko au grand lac Yang pour pêcher un maximum de batraciens à l'aide de ses nouveaux samouraïs : des samouraïs-anguilles électriques, dont les décharges étourdissent les grenouilles… ainsi que nos héros ! Car pour sauver les pauvres petites bêtes, les Mini-Ninjas sont obligés de partir littéralement en immersion afin de déjouer les plans du Seigneur de la Guerre et de sa petite-fille.