Shoko revient une fois de plus à la forteresse sans avoir trouvé le refuge des Mini Ninjas. Son grand-père, écoeuré par cet énième échec, met Kitsune aux commandes de ses troupes à la place de Shoko, et celle-ci, offensée, décide d'abandonner la forteresse. Shoko s'établit une nouvelle base dans la forêt sans réaliser qu'elle a construit sa cabane à quelques mètres à peine de l'arbre secret où se trouve le Ninja-Raft. Les Mini Ninjas doivent l'éloigner de là à tout prix et sans éveiller les soupçons ! Mais leurs tentatives se retournent contre eux...