Le NCIS est une unité spéciale chargée d'enquêter sur toutes les affaires criminelles qui impliquent la marine américaine, la Navy, ou le corps des Marines. Car l'armée américaine est comme un Etat dans l'Etat, avec ses règles et ses traditions. L'agent spécial Leroy Jethro Gibbs, qui dirige une équipe du NCIS, n'ignore rien de cela. Secondé notamment par l'agent DiNozzo, un ancien policier, il a pour mission d'élucider toutes sortes d'affaires, depuis la rixe entre marins qui tourne mal jusqu'aux tentatives de sabotages venues de l'extérieur. Une formule à succès, centrée sur des personnages attachants, et développée à partir de la série "JAG". Le producteur Donald P. Bellisario ("Supercopter", "Code Quantum"), est à l'origine des deux projets.