De charmantes créatures cachées dans les égouts en ont assez de passer pour des monstres malfaisants. Elles vont affronter les humains qui les pourchassent.
A Cheesebridge, pendant l'époque victorienne. Sous les pieds des habitants de cette petite ville cossue, les égouts abritent les Boxtrolls, des créatures hideuses qui ne sortent de leur tanière que pour dérober les enfants et les fromages. C'est du moins ce que dit la légende, mais la réalité est tout autre...