Mises en fuite par Shredder, les Tortues sont réfugiées à la campagne, dans la ferme des parents d'April. Là, ils sont harcelés par une créature mystérieuse.
Trois mois après avoir été chassés de New York, échappant de peu à Shredder, les Tortues sont toujours réfugiées dans la ferme appartenant à la famille d'April. Là, ils soignent leurs blessures et tentent de trouver un moyen de chasser les Kraangs. Mais une créature vivant dans les bois les harcèle...