Un zèbre s'enfuit du zoo de New York avec la complicité d'une bande de pingouins. Il est poursuivi par ses amis. Tous embarquent sur un cargo pour Madagascar.
Au zoo de Manhattan. Alex le lion, Marty le zèbre, Melman la girafe, et Gloria l'hippopotame sont inséparables. Ils sont également satisfaits de la vie qu'ils mènent et même très attachés à leur confort. Seul Marty rêve de grands espaces et souhaite découvrir la vie sauvage. Ses amis les pingouins, qui estiment eux aussi qu'il n'est pas naturel de vivre dans un zoo, lui proposent leur aide. Un soir, Marty s'évade et prend la direction de la gare de Grand Central. Ses amis, craignant qu'il ne lui arrive malheur, se lancent à sa poursuite. Rattrapés par les forces de l'ordre, ils se retrouvent tous sur un cargo en partance pour Madagascar...
Même si le scénario est un peu mince, les gags sont efficaces et les personnages originaux. Un belle réussite des studios Dreamworks, qui avaient produit la saga "Shrek" et "Gang de requins".