Un enfant contacte le NCIS : son père, qui travaillait sur un projet classé "secret défense" dont lui seul possède les codes de protection, a été enlevé.
Le capitaine Tanner est enlevé en plein jour sous les yeux de son fils de 6 ans. Malgré son jeune âge, le garçon prévient immédiatement le NCIS. Les enquêteurs apprennent que le commandant Tanner travaillait sur un projet classé "secret-défense" nommé "Honneur", dont lui seul possède les codes de protection. Pendant que Gibbs se prend d'affection pour le garçon surdoué, son équipe découvre que le projet "Honneur" est piraté. Cette intrusion menace gravement la sécurité du pays. A mesure que l'enquête avance, la personnalité de Tanner apparaît de plus en plus trouble. Est-il vraiment la victime dans cette affaire ?...