Le NCIS doit faire équipe avec la police de Baltimore lorsque des documents de la Marine sont retrouvés sur un cadavre après l'incendie d'un dépôt.
Un incendie éclate dans un entrepôt et les pompiers peinent à maîtriser les flammes. Lorsqu'ils y parviennent enfin, ils découvrent un corps et un dossier de la Navy marqué top-secret. Le NCIS est appelé sur place en même temps qu'un inspecteur de police de Baltimore, Jason King. DiNozzo, qui le connaît, semble ne pas l'apprécier. Les enquêteurs apprennent que l'entrepôt appartenait à Equinox, une société spécialisée dans l'électronique qui travaillait sur des systèmes d'armement pour le compte de la Marine américaine. Duckie examine le corps carbonisé et en déduit que l'incendie a été déclenché non loin de la victime. C'est alors qu'un nouvel incendie éclate à bord d'un navire...