Séquestré par Hakim, le directeur du NCIS tente de faire passer des informations à ses agents. Il veut protéger sa fille, qui risque d'être assassinée.
Vance est détenu par Hakim, un tortionnaire afghan, depuis près de quatre semaines. Le NCIS se lance à sa recherche. Hakim oblige Vance à participer au braquage d'une banque. Il le contraint à enregistrer un message de soutien aux combattants afghans. Vance profite de cette vidéo pour faire passer des informations codées à ses agents. Ce code indique le prénom de sa fille, Kayla, que Hakim veut assassiner...
Cette 16e saison est marquée par des révélations attendues de longue date sur le passé de Gibbs.