Le site Alpha est attaqué par les soldats d'Anubis, ce qui déclenche le système d'autodestruction de la base. Jack et Teal'c tentent de rapatrier les survivants.
Sam et Jacob se rendent sur le site Alpha pour étudier le prototype de l'arme capable de vaincre les soldats d'Anubis. Survient alors un vaisseau ennemi qui bombarde le site et déclenche l'autodestruction de la Porte des étoiles. Des équipes de secours sont envoyées sur le site pour évacuer les blessés, mais la Porte est couchée et empêche l'opération. Le Pentagone décide de mener une enquête car il suspecte la présence d'un espion parmi les membres de la mission. Pendant ce temps, Sam tente de protéger le prototype de la seule arme capable de vaincre les soldats d'Anubis...