Ethan Hunt a pris ses distances avec le service actif. Il revient aux affaires afin de pourchasser un trafiquant d'armes dangereux et sadique.
L'ancien agent secret Ethan Hunt mène désormais une vie paisible aux côtés de sa fiancée Julia. Ne souhaitant plus vivre dans le danger permanent, il se contente d'un travail de formateur pour les futurs agents du gouvernement américain. Malgré cette nouvelle vie qu'il apprécie, Hunt est forcé de reprendre du service. Une de ses anciennes élèves, Lindsey Farris, a été la victime d'un trafiquant d'armes nommé Owen Davian. Sans rien dire à Julia, il accepte de prendre en chasse Davian et constitue une équipe d'agents aguerris. Peu à peu, Hunt comprend que ce trafiquant sans scrupules dispose d'appuis puissants dans les hautes sphères du pouvoir...
Un volet supplémentaire que signe J.J. Abrams, le créateur d'"Alias" et de "Lost". Tom Cruise, qui produit ce film, se place d'emblée au centre de l'intrigue.