Pour rendre service à une amie, Deeks accepte d'enquêter sur un policier qui fait face à de graves accusations. Il doit faire la lumière sur cette affaire.
Trois enfants sont témoins d'une fusillade entre le lieutenant Bates, ancien équipier de Deeks, et des policiers du LAPD. L'inspecteur Whiting demande à Deeks d'enquêter sur Bates, accusé d'avoir tué un policier et de faire partie d'un groupe d'agents corrompus. Mais Bates parvient à prendre Deeks en otage et l'entraîne dans sa cavale. Il échappe à la filature du NCIS et rejoint Simon Atwater, qui a créé un virus capable de tuer les plantes. Cependant, Bates ignore que son véhicule avait été équipé d'une puce, permettant de le suivre à distance...