La nouvelle mission de l'équipe de Finch s'avère quasi impossible : sauver la vie d'un homme en train de mourir. Reese décide de tout arrêter.
Encore convalescent, Reese quitte l'équipe. Finch décide alors d'ignorer la Machine. Mais Roots sert d'intermédiaire et Finch accepte d'enquêter avec Shaw sur le nouveau numéro, celui d'Arthur Claypool, un de ses anciens camarade d'études. Souffrant d'une tumeur au cerveau qui provoque des troubles de la mémoire, Claypool n'a plus longtemps à vivre. La maladie le pousse aussi à parler de choses secrètes. Ingénieur pour la NSA, il a travaillé sur un projet gouvernemental secret appelé Samaritain. Ce projet, alter égo de la Machine de Finch, intéresse fortement une femme, qui se fait passer pour son épouse afin de lui arracher ses secrets...